Первые поселения на территории Маловишерского района появились в глубокой древности еще во времена неолита. Об этом говорят результаты раскопок сопок-курганов по берегам рек.
      Новгородская летопись сообщает, что в X-XI веках вдоль рек и озер нынешнего Маловишерского района стали селиться славяне. Земли эти входили в Обонежскую и Деревскую пятины . В писцовых книгах 1516 г. упоминаются старые деревни: Воронково. Дора, Кленино, Увары, Морконни.
  Погосты могли возникнуть еще около 947 года во время похода по Мсте княгини Ольги, однако это далеко не первые поселения в крае. Погосты и устраивались там, где уже устойчиво жили люди способные кормить гостей (купцов слуг князя и т.п). С этих людей можно было брать и дань.
    XV - XVI века стали не временем создания здешних погостов, а временем их первого упоминания в письменных источниках.
В крае было два монастыря: Николаевский в Папоротно и Спасский в Горнешно. Однако Папороцкий выходит за границы района. А о другом стоит упомянуть особо. Уже в 1582 году в Коломенском погосте на Волхове имелись владения и «монастыря Горнитцского на озере Горнечне» об Онежской пятины. Возможно здесь был традиционный центр кузнечного ремесла, добычи и ковки железа из болотных руд.
       В последней четверти XVII века «Горнецкому монастырю принадлежало 122 души мужского пола в Обонежской и 8 душ (дворов) в Деревской пятине. Папороцкий монастырь тогда имел 80 душ, а «Отня Пустынь» (Мытно) – 488. «Отня Пустынь» и владела землями по Большой и Малой Вишерам. Могли на территории района существовать и другие монастыри. Но все они, вероятно, закрыты в конце XVIII века

Барская и Пустая Вишерки … Ныне они почти на окраине Малой Вишеры. Эти и другие деревни, появившиеся несколько веков назад и дали основную часть населения будущему городу. Они стоят недалеко от истоков реки Малая Вишера. Мимо их проходила дорога, а по топким местам – и гать, на Зеленщину, к верховьям реки Оскуй. Севернее Пустой Вишерки недалеко от берега реки выявлен жальник, где затем было и деревенское кладбище. Здесь корни древних Маловишерских родов. Ведь не река получила название от станции, а станция от реки.
         Вишерки – зернышки будущего города, средневековые деревеньки на берегах реки. И о них следует не забывать. Но как же начинался город?!
         Малая Вишера возникла во второй половине XIX века как поселение при железнодорожной станции Николаевской железной дороги на пути из Санкт-Петербурга в Москву. С 1871 — посад, с 1921 года — город.
    До открытия станции, в окрестностях существовало несколько погостов. К востоку, на болоте Спасский мох, был Спасский погост, на месте которого в XVI веке была создана Спасо-Оксупская пустынь, упразднённая в 1764 году. Рядом на реке Мде располагались Кременецкий погост и Неболоцкий погост.
     Первой постройкой Малой Вишеры принято считать казённую избу для приказчика, десятника и других распорядителей строительства этого участка Николаевской железной дороги, выстроенную в 1843 году артелью крепостных крестьян на берегу реки Малая Вишера. В 1851 году было выстроено здание железнодорожного вокзала высшего разряда по проекту архитектора Р.А. Желязевича.

18 декабря 1871 года поселение на станции Малая Вишера было переведено в разряд посада. Малая Вишера стала городом официально с 1921 года. [Государственный архив Новгородской области, Путеводитель стр. 408]. И еще: «Пристанционное поселение Малая Вишера было образовано в посад 27 октября 1871 года» Но тогда последовал лишь указ о преобразовании, а само преобразование требовало окрытия ратуши. «Открытие посада состоялось в декабре 1871 года» (Истомина Э Г Границы, населения, города Новгородской губернии, с. 51)
     Рождение города из окрестных деревень было процессом сложным и болезненным. Еще в 1865 году жители при станции обратились в хозяйственный департамент МВД с ходатайством о преобразовании их селения в безъуздный город или посад. Но для образования города нужны были не только сотни и тысячи жителей но и соответствующая площадь.
      В связи с этим жители Маловишерской станции просили передать им землю казенной Змеиной дачи, площадь свыше тысячи десятин. Земля эта оценивалась в 38 тысяч рублей, которые намечалось оплатить за четверть века. Министерство требовало оплатить за два года. Жители повторили ходатайство прося рассрочки.
     Лишь в 1870 году прошение о преобразовании селения в город или посад и переименовании его в Ново-Николаевск в честь отца Александра 2, было признано заслуживающим внимания. Но вновь отсутствие земли для дальнейшей застройки и городского выгона, затянуло решение на год. Наконец, была изыскана возможность продать землю поселенцам. И последовал соответствующий указ. Начался бурный рост посада, привлекающий сотни крестьян из окрестных деревень. В 1913 году голова посада подал на имя председателя совета министров прошение разделить Крестецкий уезд на две части, выделить посад в раздел уездных городов. Но проект тогда не был поддержан. Помешало то обстоятельство, что этот вопрос был передан на рассмотрение Крестецкого уездного и новгородского губернского земских собраний. Крестецкое земское уездное собрание «единогласно признало проект выделения Маловишерского уезда необоснованным и неприемлемым» в интересах Крестецкого уезда. Новгородское губернское земское собрание также пришло к выводу, что образование Маловишерского уезда «не соответствует интересам местного населения»

Маловишерский уезд был образован 30 марта 1918, в его состав вошли некоторые волости Крестецкого уезда и одна волость Тихвинского уезда Череповецкой губернии. До 1927, когда было упразднено административное деление на губернии, уезды и волости, в состав Маловишерского уезда входило 18 волостей: Грядская, Заборовская, Заозерская, Заручьевская, Каевская, Карпиногорская, Маловишерская, Межниковская, Окуловская, Папоротно-Островская, Пожарская, Полищенская, Сухловская, Тидворская, Тимофеевская, Торбинская, Усадьевская и Усть-Волмская. С 1927 территория входила в состав Ленинградской области.
      В годы Великой Отечественной войны Маловишерский район был частично оккупирован фашистами. В 1944 территория была полностью освобождена от фашистов и вошла в состав Новгородской области.